Aufgrund Anatomischer Merkmale unterscheidet man unter, Endo- und Ektomykorrhizpilzen. Beim Endomykorrhizapilz dringen die Pilzsporen unmittelbar in die Zellen der Wurzeln ein, um dort Ernährungsorgane auszubilden. Endomykorrhiza kommt hauptsächlich bei krautigen, aber auch bei tropischen Bäumen vor.
Dem gegenüber sind unsere heimischen Wald und Parkbäume fast alle mit Ektomykorrhizapilzen in Gesellschaft. Die Ektomykorrhiza- Pilzsporen dringen nicht in die Wurzeln ein, sondern umspinnen diese netzartig. Die Auswirkungen einer Mykorrhizasymbiose auf die Pflanze sind folgende:
Durch die Mykorrhizierung der Wurzeln wird die Wurzeloberfläche um bis zu hundertmal größer. Dadurch ergibt sich eine verstärkte Wasser- und Nährstoffaufnahme in der Pflanze, insbesondere von Phosphor, Stickstoff und Mikroelementen, weiteres reguliert es den Proteinstoffwechsel.
Daraus resultiert ein viel besseres Wachstum als bei einer nicht Mykorrhizierten Pflanze. Auch die Toleranz gegenüber verschiedenster Stresssituationen wie Trockenstress und Staunesse steigt. Die Pflanze wird auch toleranter gegen Übersalzung und Krankheiten, sowie erhöhter Photosyntheseleistung.
