Der ideale Umtopfturnus liegt bei Laubbäumen bei etwa zwei bis vier Jahren, bei Koniferen sind Intervalle von fünf bis zehn Jahren ideal. Insbesondere bei Koniferen kann es bei Umtopfpausen von mehr als zehn Jahren dazu kommen, dass der Wurzelballen derart fest verwachsen ist, dass er mit Auswaschen oder Auskratzen nicht mehr aufgelockert werden kann. Gewaltsames Arbeiten ist jetzt der falsche Weg, denn wird zu viel Erde und Wurzelwerk entfernt, kann das für den Bonsai tödlich enden.
Ist solch ein Fall eingetreten, sollte nur der halbe Wurzelballen bearbeitet und gelockert werden. Die andere Hälfte bleibt sozusagen als Absicherung unbehandelt. Auf diese Weise kann sich die bearbeitete Hälfte regenerieren, während die unbearbeitete Seite ausreichend Nährstoffe und Wasser für den Baum aus dem Erdreich aufnehmen kann. Nach ein bis zwei Jahren und wenn sich der Baum zu einem kräftigen Exemplar entwickelt hat, kann dann auch die zweite Seite ohne Bedenken bearbeitet werden.
Es tut jedem Bonsai gut, wenn er in dieser Umtopfphase einen größeren Lebensraum mit lockeren Substraten (beispielsweise Akadama, Bims, Zeolith oder Kiryu) bekommt. Nach einer Erholungsphase von zwei bis drei Jahren kann der Baum dann ohne Probleme zurück in eine passende Schale gepflanzt werden.